L’agricoltura biologica svolge un ruolo di primaria importanza per quanto riguarda la conservazione e l’aumento della biodiversità. Il concetto della biodiversità è un principio fondamentale per quanto riguarda l’agricoltura biologica: ogni organismo vivente viene tenuto in considerazione, quindi si ripone la massima attenzione sia al microorganismo come alla maestosità della pianta arborea. E’ per questo motivo quindi che ogni passaggio del processo che porta alla produzione biologica è studiato per mantenere e incrementare la diversità delle piante e degli animali che con la loro presenza contribuiscono a mantenere un agro-ecosistema equilibrato. La gestione della biodiversità all’interno dell’azienda, deve basarsi sull’adozione di pratiche agronomiche che mirino ad una virtuosa gestione della fertilità del suolo sia fisica, ma anche quella chimica e soprattutto quella biologica. Inoltre la gestione della flora infestante oltre al controllo degli insetti e delle crittogame deve avvenire con un approccio ben diverso dal comune: ossia intenderli come una possibilità e non come un piaga da debellare perché la presenza di patogeni e di specie erbacee (mantenuti sotto la soglia di danno) consentono il mantenimento dei cicli biologici ma permettono anche una riduzione degli input che vanno a sfavorire la microflora e microfauna del suolo (ossia la pedofa
una costituita Anellidi, Artropodi, Nematodi, ecc…). L’adozione di rotazioni e sovescio sono indispensabili per ottenere e mantenere una buona fertilità del suolo che, si ricorda, è fondamentale soprattutto nell’ambito dell’agricoltura biologica che non utilizza concimi chimici di sintesi. L’uso di cultivar autoctone e l’introduzione di entomofauna utile a discapito di trattamenti con insetticidi (anche se consentiti), aiuta ad incrementare la vita animale (biodiversità) all’interno dell’agroecosistema. La costituzione di siepi e filari di alberi, ma anche la manutenzione e la conservazione di prati stabili costituisce la connessione tra l’azienda ed il resto del paesaggio di cui l’azienda stessa fa parte.
La presenza di siepi e boschetti in prossimità o lungo i confini dei campi coltivati è un fattore di straordinaria importanza ecologica. La siepe infatti offre rifugio e nutrimento ad un’ampia gamma di organismi utili, in quanto predatori dei principali parassiti delle colture (entomofauna utile). Inoltre le siepi assolvono a molteplici compiti quali la difesa delle colture dall’inquinamento ambientale, proteggono il suolo dall’erosione, fungono anche da frangivento oltre che a costituire di per sè un elemento tipico del paesaggio.
Una conduzione ecosostenibile dell’azienda agricola, proiettata ad avere un bilancio adeguato non solo in termini economici, ma soprattutto di equilibri biologici, sarà più che 
mai essenziale in futuro se gli agricoltori dovranno continuare a soddisfare la crescente domanda alimentare a partire da risorse tanto preziose quanto limitate. Pare evidente che soltanto le aziende agricole “sostenibili”, che attuano tutte quelle pratiche sopra esposte, saranno in grado di fornire contributi aggiuntivi a favore della tutela e della conservazione dell’ambiente. Spesso è necessaria una competenza specifica per raggiungere l’obiettivo di biodiversità stabilito. In questo caso occorre una formazione adeguata degli agricoltori. Delle competenze appropriate permettono non solo di migliorare considerevolmente l’efficacia delle misure di conservazione della natura, ma anche di ottimizzare le risorse finanziarie.
